Die Forschungsschwerpunkte des Instituts liegen im Bereich der neueren europäischen Musikgeschichte, hier vor allem in Musiktheater, intermedialen Kompositionsformen, Musikästhetik und Medientheorie. Die Musikethnologie beforscht am Institut lusofone Kulturen, transatlantische Austauschprozessen und postkoloniale Phänomene sogenannter Globaler Musik und unter dem Label Weltmusik zusammengefasste Phänomene. Die Forschung richtet sich im musikhistorischen Bereich an den Themenfeldern Interpretation, Edition und Medien aus. In der Verklammerung von Interpretation und Edition entwickeln die am Institut angesiedelten Projekte (Bernd Alois Zimmermann-Gesamtausgabe, Erich Wolfgang Korngold Werkausgabe, Gluck-Gesamtausgabe und OPERA) Methoden moderner Editions- und Interpretationsforschung, was die Implementierung digitaler und multimedialer Plattformen einschließt. Hinsichtlich des medialen Kontexts ist auch das am Institut befindliche mechanische Reproduktionsklavier inklusive einer großen Rollen-Sammlung von Bedeutung. Darüber hinaus finden Projekte im Bereich des digitalen Forschungsdatenmanagements und zu populärer Musik im transatlantischen Raum statt (siehe Forschungsprojekte).